Vacature VIB
The VIB Department of Plant Systems Biology and the VIB Department of Medical Protein Research, Ghent University invite an application for a PhD position within the field of plant proteases (metacaspases) to be filled from 1 April, 2009. The position is limited to four years. We offer a challenging interdisciplinary research project in the field of plant biology and biochemistry, using proteomics and functional genomics approaches to understand the function of plant proteases involved in cell death mechanisms regulating growth and development of plants.
Profile -You are a Master in Biotechnology, Biology, Bio-engineer, Biochemistry or Biomedical sciences or you have obtained an equivalent degree.
-You read and speak scientific English fluently and you have good communication skills.
-You can work independently, yet you are a good team player.
Position
Funding (PhD. student scholarship) is limited to four years.
The position remains open until a suitable candidate has been recruited.
Contact Please respond by e-mail, including your letter of motivation and CV to Prof. Dr. Frank Van Breusegem (frank.vanbreusegem@psb.ugent.be) or Prof. Dr. Kris Gevaert (kris.gevaert@ugent.be).
Websites: www.psb.ugent.be/oxidative-stress-cell-death/
www.proteomics.be
Doctoraten Gettemans-Tavernier
Titel: Ontwikkeling en therapeutische applicaties van single domain antilichamen (Nanobodies®) gericht
tegen kankerantigenen (mogelijkheid voor twee studenten om een onafhankelijk project aan te vragen).
ONDERZOEKSPROJECT:
Promotor: Prof. Dr. Jan Gettemans
Contact: Prof. Dr. Jan Gettemans (09/2649340) of Jan.Gettemans@UGent.be
Het project draait rond het gebruik van Camelid nanobodies (kleine monoclonale antilichamen,
cf. www.ablynx.com) als instrument om invasie en metastase van kankercellen tegen te gaan
(‘kankeruitzaaiingen’) of amyloïde aandoeningen te bestuderen. Het is een ontluikende en nog steeds
groeiende technologie die als uniek voordeel heeft dat men beschikt over het cDNA dat codeert voor deze
kleine antilichamen waardoor ze 1) recombinant kunnen aangemaakt worden 2) in kankercellen tot
expressie kunnen gebracht worden als selectieve hoge affiniteitsinhibitoren waardoor een rem gezet
wordt op kankercelverspreiding. Bovendien kunnen ze gegenereerd worden tegen antigenen waarvoor
geen conventionele small molecule inhibitors bestaan. Een groot aantal proteïnen waarvoor een rol
weggelegd is in kanker wordt inderdaad beschouwd als ‘undruggable’. Met nanobodies kan dit probleem
omzeild worden.
Inleiding:
In het Cytokine Receptor Lab (CRL) ligt de onderzoeksfocus bij de communicatie tussen de cellen van
hogere eukaryoten. We bestuderen hoe membraangebonden receptoren geactiveerd worden en signalen
doorsturen naar het cytosol en de nucleus. Als modelsystemen gebruiken we de leptine, interferon en
Toll‐like receptoren. Deze receptorsystemen zijn zeer relevant voor de regulatie van metabole en
immuunprocessen in het menselijk lichaam. Gebaseerd op inzichten in de werking van dergelijke
receptoren werd in onze groep de MAPPIT methode ontwikkeld die toelaat om interacties tussen eiwitten
in intacte menselijke cellen te registreren: meer info vind je op www.crl‐mappit.be.
Project 1: MAPPITgestuurde
moleculaire analyse van eiwit interacties in Tolllike
receptor
signaaloverdracht.
Promotor : Prof. Dr. Frank Peelman
Contact : Prof. Dr. Frank Peelman (09/2649322) frank.peelman@ugent.be of Prof. Dr. Jan Tavernier
(09/2649302) jan.tavernier@ugent.be
Door MAPPIT te combineren met “random mutagenese” van een eiwit kunnen we op een snelle manier
mutaties detecteren die de interactie met het partnereiwit verstoren. Deze mutaties worden in kaart
gebracht aan de hand van de structuur of homologie‐modellen van het eiwit wat 3D‐visualisatie van de
eiwit interactievlakken toelaat. Deze MAPPIT/mutagenese data worden daarna gebruikt voor het sturen
van “in silico proteïn‐proteïn docking”, zodat experimenteel gevalideerde structuurmodellen voor het
ewitcomplex bekomen worden. Deze experimentele methoden en in silico procedures voor constructie
van de structuurmodellen zullen in het doctoraatsproject worden geoptimaliseerd. Als model zullen
interacties tussen eiwitten met een belangrijke rol in het aangeboren immuunsysteem, zoals de Toll‐like
receptoren en hun adaptor signaalmolecules, bestudeerd worden.
Project 2: ArrayMAPPIT: naar een beter begrip van de dynamiek van eiwit interactienetwerken.
Promotor : Dr. Sam Lievens (09/2649300) sam.lievens@ugent.be of Prof. Dr. Jan Tavernier
(09/2649302) jan.tavernier@ugent.be
Interactomica is een recent ontwikkelde discipline waarbij op grote schaal eiwit interactienetwerken in
kaart worden gebracht. Recent werd in het CRL een nieuwe, efficiënte methode ontwikkeld om eiwit
interacties te detecteren. In ArrayMAPPIT wordt een collectie “prooi”‐eiwitten in microtiterplaten
gescreend voor nieuwe interactiepartners van een eiwit naar keuze. Aangezien MAPPIT werkt in levende
menselijke cellen, moet deze methode toelaten om variaties in het interactiepatroon van een eiwit te
detecteren onder verschillende cellulaire condities. Dit opent nieuwe perspectieven voor de studie van de
dynamiek van interactienetwerken. In het kader van dit project zal deze benadering worden geëvalueerd
voor eiwitten die betrokken zijn bij belangrijke pathologische processen zoals tumorvorming of
ontstekingsreacties. De effecten van cellulaire stress zoals irradiatie met UV licht of hypoxie, en van het
selectief aan‐ of afschakelen van intracellulaire signaalbanen zullen bestudeerd worden. Naast dit
celbiologische luik zal tijdens het project ook de techniek zelf verder worden verfijnd met het oog op
verdere miniaturisatie naar ‘microarray’‐schaal.
Doctoraten Gevaert
Inleiding:
De “Functional Proteomics & Bioinformatics” onderzoekseenheid van Prof. Gevaert en Prof.
Vandekerckhove past proteoomanalytische technologieën toe om heel gericht diverse aspecten van
bijzonder dynamische proteomen te analyseren. Specifiek worden eiwitprocessing, eiwitoxidatie en
eiwitglycosylatie in detail geanalyseerd. Deze (en andere) eiwitmodificaties spelen cruciale rollen tijdens
de regulatie van cellulaire responsen en bij de propagatie van signalisatiewegen. Gedetailleerde en
kwantitatieve analyse van eiwitmodificaties is daarom ook uitermate belangrijk voor het begrijpen van en
het later interfereren met de complexe processen die aan de basis liggen van meerdere ziektebeelden.
Project 1: Geoxideerde eiwitten als biomerkers.
Promotor: Prof. Dr. Kris Gevaert
Contact: Prof. Dr. Kris Gevaert (09/2649274) of Kris.Gevaert@UGent.be en Dr. Bart Ghesquière
(09/2649273) of Bart.Ghesquiere@UGent.be
Neurodegeneratieve aandoeningen en inflammatie worden frequent geassocieerd met een toestand van
oxidatieve stress: zuurstofradicalen in de cellulaire omgeving vallen eiwitten aan en dragen bij tot de
etiologie en de progressie van de ziekte. Er werd lang gepostuleerd dat eiwitmodificatie door radicalen
een willekeurig proces was, maar de laatste jaren blijkt dat dergelijke radicalen eiwitten op een specifieke
manier en plaats activeren, inhiberen of moduleren. Tijdens dit project is het de bedoeling om
eiwitmodificaties teweeggebracht door zuurstofradicalen in diverse ziektemodellen (inflammatie,
neurodegeneratieve aandoeningen, longziekten, ...) op proteoomwijde schaal te karakteriseren en
vervolgens na te gaan hoe deze verantwoordelijk kunnen zijn voor het falen van eiwitgestuurde
mechanismen. De aanwezigheid van een specifieke eiwitmodificatie in een ziektemodel zou ook mogelijks
gebruikt kunnen worden als een merker voor deze aandoening. Hier zal zowel gewerkt worden met in
vitro (celcultuur) als in vivo (proefdier) modellen van oxidatieve stress. Massaspectrometrie‐gebaseerde
proteoomanalyses, celcultuur, toepassingen in de bioinformatica en diverse “standaard” biochemische en
moleculair biologische methoden (bv. mutagenese PCR, RNAi knock‐down van specifieke eiwitten en
Western blotting) zullen tijdens dit project vooral gebruikt worden. Op dit project kunnen twee
doctoraatstudenten werken.
Project 2: Extracellulaire eiwitprocessing tijdens pathogenese.
Promotor: Prof. Dr. Kris Gevaert
Contact: Prof. Dr. Kris Gevaert (09/2649274) of Kris.Gevaert@UGent.be
Recent is gebleken dat proteolytische afbraak van extracellulaire matrix (ECM) eiwitten niet enkel gebeurt
voor celmigratie doorheen het extracellulaire milieu. Verschillende proteasen zou eveneens bioactieve
fragmenten (peptiden) genereren afkomstig van dergelijke eiwitten. De aanwezigheid van zulke
fragmenten in geconditioneerd celcultuurmedium en in lichaamsvloeistoffen suggereert dat deze zowel
fysiologische en/of pathologische functies vervullen en gegenereerd worden door in vivo ECM proteolyse.
Zo worden bijvoorbeeld collageenfragmenten, gegenereerd door matrix metalloproteasen, gekoppeld aan
tumorangiogenese, terwijl extracellulaire activiteit van granzymes verantwoordelijk wordt geacht voor de
vorming van autoantigenen in meerdere autoimmuunziektes.
Het is de bedoeling om tijdens dit doctoraatsproject eerst een in vitro celcultuur model te ontwikkelen
voor de verdere gerichte identificatie van ECM gegenereerde, mogelijks bioactieve peptiden. In eerste
instantie zal door geschikte stromale cellen ECM gevormd worden op celcultuurrecipiënten. Na het
verwijderen van deze cellen zal een protease (bv. cathepsines en granzymes) worden toegediend aan de
achtergebleven matrix. Alternatief kan de proteolytische invloed van een tweede soort cellen onderzocht
worden door deze te groeien op de afgezette matrix. In beide gevallen zullen dan peptiden geïsoleerd
worden en hun identiteit zal door massaspectrometrische analyses bepaald worden. De biologische
implicaties van de geïdentificeerde peptiden zullen verder nagegaan worden door de invloed van
synthetische varianten van deze peptiden na te gaan in diverse in vitro en in vivo modellen (bv.
celmigratie, immunologische screening van patiëntensera).